Bien qu'étant une organisation scientifique, le CERN n'est pas à l'abri des risques liés au blanchiment d'argent pour ce qui concerne les fonds externes. L'Organisation a donc la responsabilité de prendre des mesures appropriées pour traiter et atténuer ces risques.

Le document de référence « Anti-Money Laundering Measures on External Funds (en anglais seulement), produit par le département FAP, détaille les mesures anti-blanchiment prises par le CERN à ce jour pour ce qui concerne les fonds externes, et établit la procédure à suivre en cas de soupçon de blanchiment. Il doit être lu dans le contexte du cadre juridique général du CERN, en particulier les Statut et Règlement du personnel, le Code de Conduite du CERN, L'intégrité au CERN et du document Conditions Applicable to the use and opening of Third-Party Accounts (en anglais seulement).

Ces mesures doivent être appliquées par les services responsables  du département FAP chargés de la planification financière, de la budgétisation, de la comptabilité, de la comptabilité et du contrôle des fonds externes, ainsi que par toutes les personnes ayant des droits de signature sur des codes budgétaires et des comptes de tiers faisant intervenir des fonds externes. De plus , les services responsables participant directement à des activités produisant des revenus en provenance de sources externes (par exemple la collecte de fonds auprès de donateurs privés ou le transfert de connaissances) doivent se familiariser avec ces mesures.

Le document de référence « Guidelines for Mitigating the Risk of Money Laundering on External Funds (en anglais seulement) » présente les stratégies générales visant à atténuer le risque de blanchiment ; il complète les mesures anti-blanchiment de l'Organisation concernant les fonds externes.